申请服务器证书应该选择有一定信誉度和安全保障的证书颁发机构（CA），如DigiCert、GlobalSign、Symantec、Comodo等大型CA机构。这些机构有着良好的信誉和安全保障能力，可以提供更高级别的证书保障服务，例如EV SSL证书等级。同时，这些机构的证书也受到众多主流浏览器的认可，能够确保证书在被使用时不会被浏览器误判为不安全导致无法访问网站。

在选择证书申请机构时，还需要注意以下几点：

1. 证书价格：选择一个符合预算的证书服务商，同时保证证书的质量和安全等级；

2. 安全保障能力：最好选择提供备用(standby)证书和紧急撤销(SSL revocation)服务的机构，确保证书在遇到安全事件时能够及时有效地保障网站的安全；

3. 客户服务：选择有质量良好的客户支持和服务质量的证书服务商，可以更好地解决遇到的问题和提升升级维护的效率。